Les CCI sont des établissements publics à caractère administratif dirigés par des élus, désignés par et parmi les chefs d'entreprises au cours d'élections régulières, et sous le contrôle de la tutelle de la Préfecture de Région. La CCI de Morlaix compte 24 membres titulaires, représentant les trois catégories d'entreprises la composant (commerce, industrie et services), élus pour un mandat de cinq ans. Ils composent l'assemblée générale, organe délibérant souverain, et participent aux délibérations par leur vote, sous le regard des représentants de l'Etat. Ils participent également aux travaux des commissions et groupes de travail dont ils sont membres. Des conseillers et conseillers techniques sont également invités à participer aux assemblées générales et aux travaux des commissions, sans droit de vote.

En assemblée générale, les membres titulaires désignent un bureau, composé d'un président, de deux vice-présidents, d'un trésorier… Le président est le représentant légal de la CCI dans tous les actes de la vie civile. Il met en œuvre les décisions de l'assemblée générale par délégation. Il est assisté du bureau, avec qui il prépare et étudie les questions qui doivent être soumises à la décision de l'assemblée. Il s'appuie sur un directeur général qui assure la direction de l'ensemble des services.